Cerca de 300 espécies de peixes já foram identificadas na bacia. Algumas são típicas da Amazônia central, embora espécies dominantes naquela região, como o tambaqui, não ocorram. No curso superior ocorrem algumas espécies não amazônicas, das quais a tubarana (Salminus hilarii) é o exemplo mais conhecido. A bacia Araguaia – Tocantins também apresenta muitas espécies endêmicas, principalmente no curso superior. De modo geral, há uma diminuição da abundância e diversidade de peixes da foz em direção as cabeceiras, relacionadas principalmente à ausência de áreas de inundação.
O rio Araguaia, entre Aruanã e Luiz Alves, recebe anualmente cerca de 18.000 pescadores amadores. As principais espécies capturadas pela pesca amadora são pacu caranha, matrinxã, pirarucu, piaus, pacus, sardinha, corvina, traíra entre os peixes de escama; e, filhote, cachara, barbado, pirarara, jaú, mandubé, surubim chicote, bico de pato, mandi entre os peixes de couro. O rio Tocantins também já é um destino de pescadores amadores. O reservatório de Tucuruí, no baixo Tocantins, promove anualmente o Torneio de Pesca da Amazônia – TOPAM, e o recém formado reservatório de Serra da Mesa, no alto Tocantins, está atraindo grande número de pescadores amadores. Outros reservatórios estão previstos para a bacia, principalmente no rio Tocantins.
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