Na Bacia do São Francisco existem várias espécies de peixes migradores, importantes para as pescarias comerciais e esportivas. Já foram identificadas 152 espécies de peixes nativos da bacia. Entre elas as mais importantes nos rios e lagoas naturais da bacia destacam-se as migradoras, curimatã-pacu, dourado, surubim, matrinxã, mandi-amarelo, mandi-açu, pirá e piau- verdadeiro, e as sedentárias, pacamão, piau-branco, traíra, corvinas, piranha-vermelha e piranha-preta.
Pode-se encontrar muitas espécies de outras bacias hidrográficas, ou mesmo espécies exóticas, entre elas os tucunarés, colocados nos reservatórios de Três Marias e Itaparica, a pescada introduzida em Sobradinho, além de diversas outros peixes colocados na bacia como experimentos de cultivo que são carpas, tilápias, tambaqui, pacu-caranha, apaiari e o bagre-africano.
Um bom local de pesca no São Francisco é na região de Bom Jesus da Lapa, na Bahia, captura-se surubins, dourados, piaus, curimbatás e matrinxãs, outras cidades como Barra e Xique-Xique oferecem bons pontos de pesca.A melhor época é de maio a outubro, depois das cheias. Os equipamentos são varas de ação média/pesada de 5,6 a 6,0 pés, linhas de 8 a 17 libras, iscas artificiais, de superfície, meia-água e fundo. Outro bom local de pesca é em Aracaju (SE), nas corredeiras do rio São Francisco você captura surubins-pintados e dourados.
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